Gründe:

I. Der Kläger und Beschwerdeführer (Kläger) ist Insolvenzverwalter über das Vermögen der C-GmbH. Diese betrieb eine Privatklinik für kosmetisch-plastische Chirurgie. Alleiniger Gesellschafter und Geschäftsführer sowie leitender Arzt war in den Streitjahren Dr. G.

Die C-GmbH behandelte ihre Umsätze als steuerfrei.

Aufgrund der durch eine Umsatzsteuerprüfung getroffenen Feststellungen ging der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) davon aus, dass die C-GmbH ausschließlich Schönheitsoperationen durchführe, die die Voraussetzungen einer Steuerbefreiung nicht erfüllten. Aufgrund dessen änderte das FA den Umsatzsteuer-Jahresbescheid für 2003, sowie die Umsatzsteuer-Vorauszahlungsbescheide für Januar bis Dezember 2004 und Februar 2005. Das FA beließ aufgrund einer Billigkeitsregelung der Oberfinanzdirektion die bis zum 25. März 2003 ausgeführten Umsätze in Höhe von 224 970 EUR steuerfrei. Für 2003 berücksichtigte das FA bei der Festsetzung der Umsatzsteuer nachgewiesene Vorsteuern in Höhe von 31 514,88 EUR. Im Übrigen ermittelte es die Vorsteuern im Schätzungswege.