Gründe:

I. Der Kläger und Beschwerdeführer (Kläger), ein selbständiger Unternehmensberater, arbeitete in den Streitjahren (1997 bis 1999) ausschließlich für ein bestimmtes Unternehmen, an dessen Sitz er im Wesentlichen tätig war. Er arbeitete außerdem in der Dachgeschosswohnung des ihm und seiner Ehefrau gehörenden Zweifamilienhauses, dessen Erdgeschosswohnung die Eheleute zu Wohnzwecken nutzten.

Im Anschluss an eine Außenprüfung änderte der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) die Umsatzsteuerfestsetzungen für die Streitjahre u.a. in folgenden Punkten:

Das FA beurteilte die Fahrten des Klägers zwischen dem Wohnhaus und dem Betrieb seines Auftraggebers als Wege zwischen Wohnung und Betriebsstätte i.S. des § 4 Abs. 5 Satz 1 Nr. 6 des Einkommensteuergesetzes (EStG) und ließ daher die Fahrtkosten nur nach Maßgabe der in dieser Vorschrift getroffenen Regelungen zum Betriebsausgabenabzug zu. Die nicht abziehbaren, mit Vorsteuer belasteten Betriebsausgaben unterwarf es nach § 1 Abs. 1 Nr. 2 Buchst. c i.V.m. § 10 Abs. 4 des Umsatzsteuergesetzes (UStG) in der damals geltenden Fassung dem Aufwendungseigenverbrauch.