Gründe:

I. Die Klägerin und Revisionsklägerin (Klägerin) wurde 1972 als GmbH gegründet. Alleingesellschafterin ist die X-GmbH (X). Der Geschäftsführer der X war in den Streitjahren auch gleichzeitig Geschäftsführer der Klägerin. Die X übernahm für die Klägerin einige Verwaltungsaufgaben wie z.B. die Buchführung und die administrative Betreuung des von der Klägerin beschäftigten Personals.

Noch in ihrem Gründungsjahr erwarb die Klägerin das Grundstück des damaligen Y-Sanatoriums in Z und übernahm den Betrieb in 1973. Dies blieb auch in den Folgejahren ihre einzige Betätigung. Die Konzession zum Betrieb des Hauses als Privatkrankenanstalt i.S. des § 30 der Gewerbeordnung wurde 1973 erteilt. Der Geschäftsbetrieb wurde als gemeinnützig anerkannt und u.a. die Steuerbefreiungen nach § 4 Nr. 16 des Umsatzsteuergesetzes (UStG) und § 3 Nr. 6 des Gewerbesteuergesetzes (GewStG) i.V.m. § 11 Abs. 2 und 3 der Gewerbesteuer-Durchführungsverordnung (GewStDV) i.d.F. vom 22. Oktober 1969 gewährt.

Im Jahre 1977 schloß die Klägerin mit dem D-Rehabilitationszentrum (RHZ) eine Vereinbarung, die u.a. wie folgt lautet:

"§ 2

1. Das RHZ bezieht die ... Betten als Station E in seine Belegung mit ein. Die Aufnahme in das Y-Sanatorium erfolgt ausschließlich durch bzw. im Einvernehmen mit der Aufnahmeabteilung im RHZ.