Entscheidungsgründe:

Im finanzgerichtlichen Verfahren bestimmt sich der Streitwert, soweit nichts anderes bestimmt ist, nach der sich aus dem Antrag des Klägers für ihn ergebenden Bedeutung der Sache nach Ermessen (§ 52 Abs. 1 GKG). Maßgeblich ist das finanzielle Interesse, das der Kläger bei objektiver Betrachtung seines Klagebegehrens hat (Ruban in Gräber, FGO-Kommentar, 6. Auflage 2006, Vor § 135 Rn. 27). Bietet der Sach- und Streitstand für die Bestimmung des Streitwertes keine genügenden Anhaltspunkte, ist ein Auffangstreitwert von 5.000,- Euro anzunehmen (§ 52 Abs. 2 GKG). Die Streitwerte mehrerer, vom Finanzgericht zur gemeinsamen Entscheidung verbundener Sachen sind zu einem Gesamtstreitwert zusammenzurechnen (BFH vom 11.12.1985 - I R 207/84, BStBl. II 1986, 569).

Bei Berücksichtigung dieser Grundsätze beträgt das mit der jeweiligen Klage verfolgte finanzielle Interesse der Klägerin jeweils 50% des in Betracht kommenden Vorsteuerabzugsbetrages von 114.775,86 Euro (d.h. gem. § 12 Abs. 1 UStG in der Fassung des Jahres 2004 eine Steuer von 16% aus einer gem. § 10 Abs. 1 Satz 2 UStG zu Grunde zu legenden Nettobemessungsgrundlage von 717.349,14 Euro), mithin jeweils 57.387,93 Euro. Dem liegt zu Grunde, dass das jeweilige Rechtsbegehren der Klägerin mit dem Klagebegehren einer Fortsetzungsfeststellungsklage vergleichbar ist, die der Vorbereitung der Geltendmachung eines zivilrechtlichen Schadensersatzanspruchs dient. In solchen fällen erachtet die Rechtsprechung einen 50%-igen Wertansatz für angemessen (BFH vom 09.07.1996 - I R 6/91, BFH/NV 1996, 927). Demgegenüber ist die vorliegende Konstellation nicht mit der Klage gegen einen Bescheid über die gesonderte Feststellung des verrechenbaren Verlustes zu vergleichen, bei der regelmäßig nur 10% des streitigen Verlustes anzusetzen sind, um dem Umstand gerecht zu werden, dass dessen tatsächliche Nutzung durch Verrechnung ungewiss ist (BFH vom 05.12.1996 - IV R 2/95, BStBl. II 1997, 350). Denn anders als in einem solchen Fall führt der Vorsteuerabzug zu einem (echten) Erstattungsanspruch gegen die Finanzbehörde bzw. mindert den Umsatzsteueranspruch in voller Höhe (§ 16 Abs. 2 UStG).

Dass dem Verfahren bei Erfolg gegebenenfalls ein Zivilrechtsstreit mit dem Ziel der Durchsetzung des Rechnungserteilungsanspruchs hätte nachfolgen können, führt zu keiner weiteren Minderung des im finanzgerichtlichen Verfahren anzusetzenden Streitwertes. Denn zum einen lag der Schwerpunkt des Rechtsschutzinteresses der Klägerin auf der Klärung der Steuerpflicht des fraglichen Umsatzes. Nach der Darstellung der Klägerin in den beiden Klageschriften war die vom Leistungserbringer angenommene Steuerfreiheit des Umsatzes der einzige Grund, der Klägerin seitens des Leistungserbringers keine zum Vorsteuerabzug berechtigende, ordnungsgemäße Rechnung mit offenem Umsatzsteuerausweis zu erteilen. Zum anderen ist dies auch für die Konstellation einer Fortsetzungsfeststellungsklage zur Vorbereitung einer zivilrechtlichen Schadensersatzklage typisch. Auch der Ansatz des Auffangstreitwertes nach § 52 Abs. 2 GKG kam nicht in Betracht, da die Klage aufgrund des letztlich begehrten Vorsteuerabzugs genügend Anhaltspunkte für die Bestimmung eines finanziellen Interesse der Erinnerungsführerin bot.

Der zusammengerechnete Streitwert beider Klagen zu jeweils 57.387,93 Euro beträgt somit 114.775,86 Euro. In dieser Höhe war ein Gesamtstreitwert festzusetzen. Dessen Festsetzung durch das in der Hauptsache zuständige Gericht beruht auf § 63 Abs. 2 GKG (Ruban in Gräber, FGO-Kommentar, 6. Auflage 2006, Vor § 135 Rn. 37). Da es sich - ebenso wie der Beschluss über die Einstellung des Verfahrens nach Klagerücknahme - um eine Entscheidung im vorbereitenden Verfahren handelt, war der Berichterstatter nach § 79a Abs. 1 u. Abs. 4 FGO für die Festsetzung zuständig (Ruban a.a.O.). Dieser Beschluss ergeht gerichtsgebührenfrei.