Der Bundesfinanzhof hat in mehreren Beschlüssen vom 28.11.2007 entschieden, dass Einwendungen gegen die Berechnung der „fiktiven” Einkommensteuer nach § 51a Abs. 2 EStG als Grundlage für die Festsetzung der Kirchensteuer im Rechtsbehelfsverfahren gegen die Festsetzung der Kirchensteuer bei der zuständigen Kirchenbehörde und nicht im Verfahren gegenüber dem Finanzamt geltend zu machen seien und damit die Rechtsprechung der Finanzgerichte Düsseldorf (u. a. EFG 2007 S. 267) und Berlin-Brandenburg (EFG 2007 S. 1349) bestätigt.

Die Beschlüsse ergingen zwar zu Regelungen in Bezug auf das KiStG NRW, allerdings bestanden vergleichbare Regelungen auch im KiStG Berlin sowie unter Nr. 1002 der EStG -Kartei Berlin, Anweisung der OFD Berlin vom 15.12.2003 - St 173 - S 2440 - 1/2003. Der BFH widersprach der Rechtsauffassung, dass die zutreffende Ermittlung der Einkommensteuer, auch soweit sie eigens für Kirchensteuerzwecke nach Maßgabe des § 51a Abs. 2 EStG i. V. m. § 9 Abs. 2 KiStG Berlin - abweichend von der tatsächlich festgesetzten (staatlichen) Einkommensteuer - besonders zu berechnen sei, allein dem Finanzamt obliege.