Entscheidungsgründe:

1. Die Klage ist in dem sich aus dem Tenor ergebenden Umfang begründet. Soweit das Finanzamt die Festsetzung der Eigenheimzulage für das Jahr 2009 aufgehoben hat, erweist sich der Bescheid als rechtswidrig. Denn einer Änderung der Festsetzung stand der Eintritt der Festsetzungsverjährung entgegen. Die Festsetzungsfrist für die Eigenheimzulage des Jahres 2009 endete unter Einbeziehung der in § 11 Abs. 1 Satz 5 EigZulG getroffenen Regelung mit Ablauf des Jahres 2013.

a. Nach § 169 Abs. 1 Satz 1 AO ist eine Steuerfestsetzung nicht mehr zulässig, wenn die Festsetzungsfrist abgelaufen ist. Nach § 155 Abs. 4 AO sind die Vorschriften über die Steuerfestsetzung (§§ 155 bis 178 AO) sinngemäß auf die Festsetzung einer Steuervergütung anzuwenden. Gemäß § 15 Abs. 1 Satz 1 EigZulG sind die für Steuervergütungen geltenden Vorschriften der Abgabenordnung entsprechend anzuwenden. Danach beträgt die Festsetzungsfrist für die Eigenheimzulage vier Jahre. Sie beginnt mit Ablauf des Kalenderjahres, in dem der Anspruch auf die Zulage entstanden ist (§ 170 Abs. 1 i. V. m. § 155 Abs. 4 AO). Nach § 10 EigZulG entsteht der Anspruch auf Eigenheimzulage mit Beginn der Nutzung der hergestellten oder angeschafften Wohnung zu eigenen Wohnzwecken und für jedes weitere Jahr des Förderzeitraums mit Beginn des Kalenderjahres, für das eine Eigenheimzulage festzusetzen ist. Ohne Berücksichtigung einer Anlauf- und/oder Ablaufhemmung lief die Festsetzungsfrist für die Eigenheimzulage 2009 daher mit Ablauf des Jahres 2013 ab.

b. Der Ablauf der Festsetzungsfrist für die Eigenheimzulage war nicht über den Ablauf des Jahres 2013 hinaus gehemmt. Auch ergibt sich aus § 11 Abs. 1 Satz 5 EigZulG keine Verlängerung der Festsetzungsfrist.

aa. Die Festsetzungsfrist für die Eigenheimzulage endet gemäß § 11 Abs. 1 Satz 4 EigZulG nicht vor Ablauf der Festsetzungsfrist für die Einkommensteuer der nach § 5 maßgebenden Jahre. Gemäß § 5 EigZulG in der im Streitfall maßgeblichen Fassung kann der Anspruchsberechtigte die Eigenheimzulage ab dem Jahr in Anspruch nehmen (Erstjahr), in dem der Gesamtbetrag der Einkünfte des Erstjahrs zuzüglich des Gesamtbetrags der Einkünfte des vorangegangenen Jahres (Vorjahr) einen bestimmten Betrag nicht übersteigt. Ist der Ablauf der Festsetzungsfrist nach § 11 Abs. 1 Satz 4 EigZulG hinausgeschoben, verlängert sich gemäß § 11 Abs. 1 Satz 5 EigZulG die Festsetzungsfrist für die folgenden Jahre des Förderzeitraums um die gleiche Zeit.

Die Festsetzungsfrist für die Festsetzung der Einkommensteuer des Erstjahres (2003) endete wegen der Anlaufhemmung des § 170 Abs. 2 Satz 1 Nr. 1 AO mit Ablauf des 31. Dezember 2008, so dass die Festsetzungsfrist für die Festsetzung der Eigenheimzulage 2003 gemäß § 11 Abs. 1 Satz 4 EigZulG auch erst mit Ablauf des 31. Dezember 2008 endete, also um ein Jahr hinausgeschoben war.

§ 11 Abs. 1 Satz 5 EigZulG ist jedoch, anders als von dem beklagten Finanzamt und auch in Literatur und Rechtsprechung vertreten, nicht als Verlängerung der Festsetzungsfrist von 4 Jahren zu verstehen, sondern als Spezialregelung zur Ablaufhemmung. Da der Wortlaut der Norm nicht eindeutig ist, bedarf er - auch unter Berücksichtigung der Gesetzessystematik und des Gesetzeszwecks - einer Auslegung.

bb. Die Abgabenordnung unterscheidet zwischen der Festsetzungsfrist als Zeitspanne (§ 169 Abs. 2 AO), dem Beginn der Festsetzungsfrist als Zeitpunkt (§ 170 AO) und dem Ende der Festsetzungsfrist als dem aus diesen beiden Angaben errechneten Zeitpunkt. Beginnt der Lauf der Festsetzungsfrist abweichend von dem Regelfall (§ 170 Abs. 1 AO) zu einem späteren Zeitpunkt, so handelt es sich um eine Anlaufhemmung, endet der Lauf der Festsetzungsfrist zu einem späteren Zeitpunkt als zu dem sich aus Fristbeginn und Festsetzungsfrist errechneten Zeitpunkt, so ist der Ablauf der Festsetzungsfrist gehemmt (vgl. § 171 AO). Sowohl die Anlaufhemmung als auch die Ablaufhemmung führen dazu, dass die Zeitspanne, während derer eine Festsetzung möglich ist, sich verlängert, hierbei handelt es sich jedoch gesetzessystematisch nicht um eine Verlängerung der Festsetzungsfrist.

Auch aus der Gesetzgebungsgeschichte wird deutlich, dass mit § 11 Abs. 1 Satz 5 EigZulG eine Regelung über die Ablaufhemmung getroffen werden sollte. § 11 Abs. 1 Satz 4 und 5 EigZulG sind auf Beschlussempfehlung des Finanzausschusses des Bundestages in das Gesetz eingefügt worden. Gleichzeitig ist die im Gesetzentwurf in § 5 Abs. 2 vorgesehene Änderungsvorschrift gestrichen und die Korrekturvorschrift des § 11 Abs. 4 EigZulG eingefügt worden.

Zum Hintergrund der Beschlussempfehlung ist in dem Bericht des Finanzausschusses (Bundestagsdrucksache 13/2784, Seite 40) Folgendes ausgeführt:

"Die Ergänzung in § 11 Abs. 1 soll sicherstellen, daß die Festsetzungsfrist für die Eigenheimzulage nicht abläuft, solange für die Einkommensteuer der nach § 5 maßgebenden zwei Kalenderjahre noch keine Festsetzungsverjährung eingetreten ist. Damit soll eine übereinstimmende Berücksichtigung des Gesamtbetrags der Einkünfte bei der Festsetzung der Eigenheimzulage und der Einkommensteuer auch dann ermöglicht werden, wenn z. B. der Ablauf der Festsetzungsfrist für die Einkommensteuer aufgrund der Durchführung einer Außenprüfung nach § 171 Abs. 4 AO gehemmt ist. Durch den neuen Satz 5 soll erreicht werden, daß die Festsetzungsfrist in diesen Fällen auch für die Folgejahre nicht abläuft."

Aus dieser Begründung wird deutlich, dass nicht nur mit Satz 4 des § 11 Abs. 1 EigZulG eine Ablaufhemmung für die Festsetzungsfrist der Eigenheimzulage des Erstjahres geregelt werden sollte, sondern der Ablauf der Festsetzungsfrist für die Eigenheimzulage der Folgejahre an den Ablauf der Festsetzungsfrist für die Einkommensteuer des Erstjahres und des Vorjahres gekoppelt werden sollte.

Zwar heißt es in § 11 Abs. 1 Satz 5 EigZulG, die Festsetzungsfrist für die Folgejahre verlängere sich im Falle einer nach Satz 4 für das Erstjahr eingetretenen Ablaufhemmung "um die gleiche Zeit". Dies könnte dahingehend verstanden werden, dass "die gleiche Zeit" eine Zeitspanne beschreibt (Zeitspanne der Ablaufhemmung betreffend das Erstjahr unter Berücksichtigung des Endes der Festsetzungsfrist für die Einkommensteuer des Erstjahres und des Vorjahres). Aus der Verwendung des Wortes "Zeit" ergibt sich dies jedoch nicht zwingend. Unter Berücksichtigung des Gesetzeszwecks und der Gesetzesbegründung spricht Überwiegendes dafür, dass "Zeit" nicht im Sinne einer Zeitspanne, sondern im Sinne eines Zeitpunktes zu verstehen ist. Denn Ziel der Regelung ist es, dass eine Änderung der Festsetzung der Eigenheimzulage für die Folgejahre so lange möglich sein soll, wie sich auch die Festsetzungen der Einkommensteuer der für die Ermittlung der Nichtüberschreitung der Einkunftsgrenze maßgeblichen Jahre (Erstjahr und Vorjahr) noch ändern können.

Ein anderes Verständnis der Norm würde im Übrigen zu einer nicht erforderlichen und ggf. auch übermäßigen Ausdehnung der Ablaufhemmung der für die Folgejahre geltenden Frist führen. Wäre beispielsweise der Ablauf der Festsetzungsfrist für das Erstjahr unter Berücksichtigung der Anlauf- und Ablaufhemmung der Einkommensteuerfestsetzungen des Erstjahres und des Vorjahres um 5 Jahre hinausgeschoben, würde bei einem Erstjahr 2003 die Festsetzungsfrist nicht mit Ablauf des 31. Dezember 2007, sondern erst mit Ablauf des Jahres 2012 enden. Die Festsetzungsfrist für das letzte Jahr des Förderzeitraumes (2010) würde dann nicht mit Ablauf des Jahres 2014, sondern 5 Jahre später und somit erst mit Ablauf des Jahres 2019 enden, obwohl sich in den Einkommensteuerfestsetzungen der für die Eigenheimzulage maßgeblichen Jahre (2002 und 2003) bereits mit Ablauf des Jahres 2012 keine Änderungen mehr ergeben konnten.

Daraus ergibt sich im vorliegenden Fall, dass die Festsetzungsfrist für die Eigenheimzulage 2009 mit Ablauf des Jahres 2013 endete. Anhaltspunkte dafür, dass sich die Festsetzungsfrist von 4 Jahren gemäß § 169 Abs. 2 Satz 2 AO verlängert haben könnte, sind weder vorgetragen noch sonst ersichtlich.

2. Soweit der Kläger die Aufhebung der Neufestsetzung der Eigenheimzulage für 2010 begehrt, ist der Antrag unbegründet. Die Voraussetzungen für die Festsetzung von Eigenheimzulage für das Zweitobjekt lagen nicht mehr vor, da wegen des Getrenntlebens der Eheleute unabhängig von der Frage, ob die Scheidung im Inland anerkannt war, die Voraussetzungen für eine Zusammenveranlagung nicht mehr erfüllt waren. Damit lagen auch die Voraussetzungen für die Förderung des Zweitobjektes, das im Alleineigentum des Klägers stand, nicht mehr vor (§ 6 Abs. 2 Satz 2 EigZulG).

Einer Änderung der Festsetzung der Eigenheimzulage für 2010 stand auch nicht der Einwand von Treu und Glauben entgegen. Insbesondere rechtfertigt allein der Zeitablauf nicht die Annahme, dass eine Änderung der Festsetzung wegen einer eingetretenen Verwirkung ausgeschlossen ist. Denn ergänzend zum reinen Zeitmoment muss ein Verhalten der Behörde vorliegen, aus dem der Steuervergütungsempfänger bei objektiver Beurteilung den Schluss ziehen darf, dass er nicht mehr in Anspruch genommen werden solle (Umstandsmoment oder Vertrauenstatbestand - vgl. z. B. BFH, Urteil vom 14. Oktober 2003, VIII R 56/01, BFHE 203, 472, BStBl. II 2004, 123 m. w. N.). Vorliegend ist nicht erkennbar, durch welches Verhalten das Finanzamt einen entsprechenden Vertrauenstatbestand gegenüber dem Kläger geschaffen haben soll; allein der Umstand, dass die festgesetzte Eigenheimzulage weiterhin ausgezahlt worden ist, reicht hierfür nicht aus. Der Kläger hat auch nach Ergehen des Beschlusses in dem Verfahren 1 V 211/14 keine weiteren Tatsachen vorgetragen, die eine andere Bewertung rechtfertigen könnten.

3. Die Kostenentscheidung folgt aus § 136 Abs. 1 FGO. Der Senat hat die Revision gemäß § 115 Abs. 2 Nr. 2 FGO zugelassen.