Eine der notwendigen Voraussetzungen für die Möglichkeit, den Gewinn aus dem Betrieb von Handelsschiffen im internationalen Verkehr anstatt nach §§ 4 Abs. 1 oder 5 EStG pauschal nach der Tonnage ermitteln zu können, ist die Eintragung des Schiffes in einem inländischen Seeschiffsregister (§ 5a Abs. 2 Satz 1 EStG).

Nach bundeseinheitlich abgestimmter Auffassung ist diese Voraussetzung nur dann erfüllt, wenn das Handelsschiff in einem bei den deutschen Amtsgerichten geführten Seeschiffsregister im Sinne der §§ 1 und 3 der Seeschiffsregisterordnung (SchRegO) eingetragen ist (sog. Erstregister). Die Zuständigkeit der Seeschiffsregister richtet sich nach dem Heimathafen des Seeschiffes, d. h. nach dem Hafen, von dem aus das Schiff betrieben wird.

In Abgrenzung dazu ist lediglich eine Eintragung im Internationalen Seeschifffahrtsregister (ISR, sog. Zweitregister), das vom Bundesamt für Seeschifffahrt und Hydrographie geführt wird, nicht ausreichend, ebenso wenig wie für sich gesehen das Recht zum Führen der Bundesflagge nach dem Flaggenrechtsgesetz (FlaggRG).