Im Rahmen seiner Prüfung „Auf- und Ausbau von Kompetenz- und Dienstleistungszentren” (DLZ) hat der Bundesrechnungshof auch die Besteuerungsproblematik und die handelsrechtlichen Buchführungspflichten thematisiert:

Erbringen DLZ des Bundes Leistungen an Einrichtungen in der Trägerschaft des Bundes, so werden sie von der Finanzverwaltung als nichtsteuerbare Beistandsleistungen im hoheitlichen Bereich angesehen und steuerlich nicht erfasst. Die DLZ des Bundes erbringen jedoch nicht nur Dienstleistungen für Bundesbehörden, sondern auch für andere juristische Personen des öffentlichen Rechts außerhalb der Trägerschaft Bund (z. B. für Einrichtungen der Länder) sowie für privatrechtliche Leistungsempfänger (z. B. für Vereine, Stiftungen, andere Zuwendungsempfänger oder Unternehmen). Diese Leistungen für Dritte unterliegen unter bestimmten Voraussetzungen der Umsatzbesteuerung. Eine eventuelle Umsatzbesteuerung dieser Leistungen richtet sich national nach § 2 Absatz 3 Satz 1 des Umsatzsteuergesetzes (UStG) i. V. m. § 4 des Körperschaftsteuergesetzes (KStG) und gemeinschaftsrechtlich nach Artikel 13 Absatz 1 Unterabsatz 2 der Richtlinie 2006/112/EG.