Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), eine GmbH, reichte am 19. Februar 1996 ihre Umsatzsteuer-Voranmeldung für das vierte Quartal 1995 mit einer Zahllast von 3 774,60 DM ein. Am 4. März 1996 gab sie eine berichtigte Voranmeldung mit einer Zahllast von 588 521,50 DM ab. Gleichzeitig legte sie eine Abtretungsanzeige vor, wonach ihr eine KG einen Teilanspruch von 585 356,91 DM gegen das Finanzamt X abtrat, der aus der Umsatzsteuer-Jahreserklärung 1995 der KG herrührte. Der Betrag von 585 356,51 DM ergab sich aus einer Rechnung der M an die KG über netto rd. 3,9 Mio. DM. Eine gleichhohe Rechnung an die M hatte die Klägerin in ihrer Umsatzsteuer-Voranmeldung für Dezember 1995 erfasst.

Mit Schreiben vom 19. Mai 1998 beantragte die Klägerin (erneut), die "zinslose Verrechnungsstundung" rückständiger Umsatzsteuer 1995 in Höhe von damals 407 016,94 DM. Zur Begründung trug sie u.a. vor, sie habe der M im Juni 1997 eine Schlussrechnung über den Betrag von 3,9 Mio. DM erteilt; die M habe ihr den sich daraus ergebenden Vorsteuererstattungsanspruch abgetreten, so dass auch hier eine Verrechnungsmöglichkeit bestehe. Einen weiteren Antrag auf Verrechnungsstundung eines rückständigen Gesamtbetrages von nunmehr 315 956,02 DM stellte die Klägerin am 13. Januar 1999.