Gründe:

I. Der Kläger und Beschwerdeführer (Kläger) ist ein als gemeinnützig anerkannter eingetragener Verein. Er betreibt eine Krankenanstalt zur Behandlung von Patienten mit Herz- und Kreislauferkrankungen (sog. Herzzentrum) und ein angeschlossenes Rehabilitationszentrum. Nach § 2 seiner Satzung wird der Vereinszweck, die Rehabilitation für Herz- und Kreislaufkranke zu fördern, u.a. durch "die weitere Entwicklung der Rehabilitation, der Kardiologie und der Kardiochirurgie, insbesondere in Wissenschaft und Forschung" verwirklicht.

Im Anschluss an eine Außenprüfung vertrat der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) die Ansicht, der Betrieb von Forschungseinrichtungen durch den Kläger stelle einen wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb dar, der kein Zweckbetrieb sei, soweit Forschung gegen Entgelt (sog. Auftragsforschung) erfolge. Diese Auffassung fand Niederschlag u.a. in dem Umsatzsteuerbescheid für 1989 (Streitjahr) vom 23. Juni 1997, in dem Bescheid über den Einheitswert des Betriebsvermögens vom 23. Juni 1997 und in dem Bescheid über die Vermögensteuer ab 1. Januar 1989 vom 25. Juni 1997.