Gründe:

I. Die Kläger und Revisionsbeklagten (Kläger) sind zusammenveranlagte Eheleute. Für das Streitjahr 2001 erklärten sie einen Verlust aus Gewerbebetrieb in Höhe von 42 934 DM und Einkünfte aus nichtselbständiger Tätigkeit in Höhe von 86 124 DM. Die Einkommensteuer für 2001 wurde erklärungsgemäß unter dem Vorbehalt der Nachprüfung festgesetzt.

Für das Jahr 2002 erklärten die Kläger einen Verlust aus Gewerbebetrieb in Höhe von 91 719 EUR und Einkünfte aus nichtselbständiger Arbeit in Höhe von 45 103 EUR und teilten mit, dass der Verlust nicht zurückgetragen, sondern in das Jahr 2003 vorgetragen werden solle. Der Beklagte und Revisionskläger (das Finanzamt --FA--) stellte mit Bescheid vom 3. Mai 2004 den verbleibenden Verlustvortrag auf den 31. Dezember 2002 mit 46 616 EUR fest.

Die Einkommensteuererklärung für 2003 gaben die Kläger am 1. April 2004 ab. Gegen den Einkommensteueuerbescheid legten sie unter Hinweis auf das Urteil des erkennenden Senats vom 13. August 2003 (BFHE 204, , BStBl II 2004, 547) Einspruch ein und beantragten nunmehr, den Verlust aus dem Jahr 2002 in Höhe von 6 000 EUR auf das Jahr 2001 zurückzutragen. Sie hätten, als sie mit Schreiben vom 20. August 2003 beantragt hatten, von einem Verlustrücktrag abzusehen, nicht wissen können, wie sich der Verlustvortrag letztlich auswirken würde.