Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) wurde vom Beklagten und Beschwerdegegner (Finanzamt --FA--) für die Jahre 1994, 1995 und 1998 zunächst antragsgemäß zusammen zur Einkommensteuer veranlagt. Die sich daraus ergebenden Erstattungsbeträge überwies das FA auf das von den Ehegatten in ihren Erklärungen angegebene Konto des Ehemannes.

Nachdem die Klägerin Einspruch eingelegt und getrennte Veranlagung beantragt hatte, erließ das FA sowohl gegen die Klägerin als auch gegen ihren Ehemann geänderte Bescheide. Deren Abrechnung führte zu Guthaben der Klägerin in Höhe von (umgerechnet) 11 195,32 EUR.

Die geänderten Bescheide wurden vom Ehemann angefochten. Außerdem nahm er die Klägerin zivilrechtlich auf Zustimmung zur Zusammenveranlagung in Anspruch. Nachdem die Klägerin dazu rechtskräftig verurteilt worden war, hob das FA die Änderungsbescheide durch Bescheid vom 9. Juni 2004 wieder auf und forderte den aufgrund der getrennten Veranlagungen an sie erstatteten Betrag von 11 195,32 EUR zurück.

Die Klägerin legte Einspruch gegen den Aufhebungsbescheid ein und beantragte die Aufteilung der sich nach ihrer Auffassung daraus ergebenden Gesamtschuld sowie die Erteilung eines Abrechnungsbescheides.