Gründe:

I. Die Klägerin und Revisionsbeklagte (Klägerin) ist eine GmbH, deren Geschäftsgegenstand der Bau, der Erwerb und die Bewirtschaftung von Wohnungen und sonstigen Bauten für eigene und für fremde Rechnung ist. Sie ist seit ... als gemeinnütziges Wohnungsunternehmen anerkannt, weshalb sie auf ihren Antrag hin bis zum Ende des Veranlagungszeitraums 1990 von der Körperschaftsteuer befreit war. Ihr Wirtschaftsjahr läuft jeweils vom 1. Oktober eines Jahres bis zum 30. September des Folgejahres. Zum 30. September 1993 waren an ihr die A-AG zu 99 % sowie die B-KG zu 1 % beteiligt. Am 25. Januar 1991 schloss sie mit der A-AG einen Beherrschungs- und Gewinnabführungsvertrag ab, der am 7. August 1991 in das Handelsregister eingetragen wurde.

In der steuerlichen Eröffnungsbilanz zum 1. Oktober 1990 stockte die Klägerin die vorhandenen Buchwerte um einen Betrag in Höhe von 62 639 630 DM auf die steuerlichen Teilwerte auf. Dieses Mehrvermögen ordnete sie dem Eigenkapital nach § 30 Abs. 1 Nr. 3 i.V.m. Abs. 2 Nr. 4 des Körperschaftsteuergesetzes (KStG) 1991 (EK 04) zu. Infolge der Buchwertaufstockung wies sie für die Veranlagungszeiträume 1991 bis 1993 im Vergleich zur Steuerbilanz höhere handelsrechtliche Jahresüberschüsse aus, weshalb es zu sog. Mehrabführungen kam.