Gründe:

I. Die Klägerin und Revisionsklägerin (Klägerin) ist infolge einer während des Klageverfahrens vorgenommenen Verschmelzung Rechtsnachfolgerin ihrer vormaligen Schwestergesellschaft, der I-KG. Diese wiederum war nach einer mit Wirkung auf den 31. Dezember 2000 beschlossenen Verschmelzung Rechtsnachfolgerin der G-KG.

Die G-KG gab im Dezember 2001 ihre Erklärung zur gesonderten und einheitlichen Feststellung von Einkünften für das Streitjahr (2000) beim Beklagten und Revisionsbeklagten (Finanzamt --FA--) ab. Die beiliegende Bilanz wies Einkünfte aus Gewerbebetrieb in Höhe von 110 668 DM aus. Das FA stellte die Besteuerungsgrundlagen erklärungsgemäß, aber unter dem Vorbehalt der Nachprüfung fest.

Im Jahr 2002 wurde die G-KG wie auch die anderen Unternehmen der Firmengruppe durch das zuständige Finanzamt für Großbetriebsprüfung geprüft. Die Schlussbesprechung fand am 28. Oktober 2002 statt. Für das Streitjahr ergab sich eine --unstreitige-- Gewinnerhöhung um 9 492 DM.