Der Körperschaftsteuerbescheid 2003 vom 24.06.2008 in der Fassung der Einspruchsentscheidung vom 17.09.2013, der Gewerbesteuermessbescheid 2003 vom 24.06.2008 in der Fassung der Einspruchsentscheidung vom 17.09.2013, die Körperschaftsteuerbescheide 2006 und 2007 vom 02.02.2017 und der Bescheid über die gesonderte Feststellung des verbleibenden Verlustvortrags zur Körperschaftsteuer auf den 31.12.2007 vom 02.02.2017 werden nach Maßgabe der Urteilsgründe geändert.
Dem Beklagten wird aufgegeben, die festzusetzenden Körperschaftsteuern 2003, 2006 und 2007, den festzusetzenden Gewerbesteuermessbetrag 2003 sowie den gesondert festzustellenden verbleibenden Verlustvortag zur Körperschaftsteuer auf den 31.12.2007 neu zu berechnen und die Körperschaftsteuerbescheide 2003, 2006 und 2007, den Gewerbesteuermessbetragsbescheid 2003 sowie den Bescheid über den gesondert festzustellenden verbleibenden Verlustvortrag zur Körperschaftsteuer auf den 31.12.2007 mit dem geänderten Inhalt nach Rechtskraft des Urteils neu bekannt zu geben.
Im Übrigen wird die Klage abgewiesen.
Die Kosten des Verfahrens tragen die Klägerin zu 25 % und der Beklagte zu 75 %.
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