Unterhält eine KöR mehrere BgA’s, ist das Einkommen für jeden dieser Betriebe gesondert zu ermitteln und die KSt gesondert gegen die Trägerkörperschaft festzusetzen (Abschn. 28 Abs. 2 S. 1 KStR 1995 und BFH-Urt. v. 8. 11. 1989,BStBl 1990 II S. 242). Eine Saldierung von Gewinnen und Verlusten in unterschiedlichen BgA’s einer Körperschaft ist demnach nicht zulässig.

Aufgrund ihrer fiktiven Selbständigkeit nehmen BgA’s eine ähnliche Stellung zu ihrer Trägerkörperschaft ein wie KapGes zu ihren Gesellschaftern (vgl. z. B. BFH-Urt. v. 31. 7. 1990,BStBl 1991 II S. 315, zur Anwendung des § 8 Abs. 3 S. 2 KStG auf Konzessionsabgaben, und v. 3. 2. 1993, BStBl II S. 459). Demnach sind bei BgA’s auch verdeckte Gewinnausschüttungen an die Trägerkörperschaft möglich. Andererseits kommen jedoch auch Entnahmen in Betracht, da eine KöR auch einen außerbetrieblichen Bereich hat. Das Verhältnis zwischen BgA und Trägerkörperschaft nimmt damit eine gewisse Zwischenstellung zwischen dem Verhältnis von KapGes mit ihrem Anteilseigner und der Beziehung eines Einzelunternehmers zu seinem Unternehmen ein.