Werden in einer Gemeinschaftspraxis außer der freiberuflichen Tätigkeit auch gewerbliche Tätigkeiten ausgeübt, gilt nach § 15 Abs. 3 Nr. 1 EStG die gesamte gemeinschaftliche Tätigkeit als Gewerbebetrieb. Dieser Grundsatz ist auch in den Fällen der integrierten Versorgung bei Gemeinschaftspraxen zu beachten.

Nach § 140a ff SGB V werden bei integrierter Versorgung zwischen dem Arzt und der Krankenkasse Verträge abgeschlossen, nach denen die Krankenkasse dem Arzt für die Behandlung der Patienten Fallpauschalen zahlt, die sowohl die medizinische Betreuung als auch die Abgabe von Arzneien und Hilfsmitteln abdeckt. Diese Pauschalen umfassen damit Vergütungen sowohl für freiberufliche als auch für gewerbliche Tätigkeiten. Werden diese Fallpauschalen mit Gemeinschaftspraxen vereinbart, kommt es aufgrund des gewerblichen Anteils (Abgabe von Arzneien und Hilfsmitteln) nach Auffassung der Vertreter der obersten Finanzbehörden der Länder zu einer gewerblichen Infizierung im Sinne von § 15 Abs. 3 Nr. 1 EStG der gesamten Einkünfte der Gemeinschaftspraxis.