Bei der Aufhebung oder Änderung von Steuerbescheiden nach vorausgegangener Sonderprüfung (z. B. Umsatzsteuer-Sonderprüfung oder Lohnsteuer-Außenprüfung) ist Folgendes zu beachten:
Eine Sonderprüfung wirkt sich nur auf die geprüfte Steuerart und die geprüfte Steuerfestsetzung aus. Wurde z. B. bei einer Umsatzsteuer-Sonderprüfung auch ein ertragsteuerlich relevanter Sachverhalt geprüft, so ist die Finanzbehörde nicht gehindert, im Rahmen einer Außenprüfung (§§ 193 - 203 AO) denselben Sachverhalt nochmals zu prüfen und aufgrund dieser Überprüfung die Festsetzung der Ertragsteuer aufzuheben oder zu ändern.
Dieser Grundsatz gilt auch, wenn die Sonderprüfung die Investitionszulage betraf.
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