Gründe:

I.

Die Revisionsklägerin ist eine GmbH, die im Streitjahr 1999 Komplementärin der Z KG (Klägerin, im Folgenden KG) war. Die KG betrieb die Sanierung und Privatisierung von ehemals kommunalen Wohnungsbauten in den neuen Bundesländern und fungierte dabei als sog. Zwischenerwerberin im Rahmen des Zwischenerwerbermodells nach dem Gesetz über Altschuldenhilfen für Kommunale Wohnungsunternehmen, Wohnungsgenossenschaften und private Vermieter in dem in Art. 3 des Einigungsvertrages genannten Gebiet (Altschuldenhilfegesetz vom 23. Juni 1993, BGBl I 1993, 944). Ein Zwischenerwerber erwarb von dem Wohnungsunternehmen solche Objekte, die nicht zu mindestens einem Drittel unmittelbar an Mieter veräußert werden konnten. Er hatte Instandsetzungs- und Modernisierungsmaßnahmen durchzuführen und den Mietern die modernisierten Wohnungen zum Kauf für einen nach oben begrenzten Preis anzubieten. Je nach Kaufinteresse wurden die Objekte in mieterprivatisierungsgebundene und -ungebundene Grundstücke aufgeteilt.